84 שנים בדיוק לאחר מסע הפוגרומים וההשתוללות הנאצית הברברית שכוונה להרס בתי הכנסת, בערב שנודע בכינוי 'ליל הבדולח', פתחה יד שרה את בית הכנסת הייחודי במרכז השיקום שמנציח את הקהילות החרבות ומבמל את התקומה בדור שאחרי החורבן.
בית הכנסת הוקם בתוך המלון החדש והיוקרתי שבימים אלו משלים את בנייתו ברובע הכניסה לירושלים. מלון שלצד אירוח נופשים ותיירים מהארץ ומהעולם, יהווה גם מרכז שיקום והחלמה פורץ דרך שיעניק לחולים את היכולת לחזור לחיים חדשים ובריאים. בית הכנסת תוכנן במיוחד, כשלעיצובו תואמו אלמנטים מפעימים לזכרון הקהילות שנכחדו בשואה.
ארון הקודש העומד במזרח בית הכנסת, נבנה לפני כ-300 שנה בקהילה יהודית ענייה בפולין. ארון הקודש המפואר, המלא בעיטורים עדינים מעשי ידי אמן המעידים על האהבה העזה של בני העיירה לבית הכנסת, השתמר בצורה מושלמת ולאחר עבודת שיקום ייחודית שנעשתה על ידי מתנדבים מומחים בנגריית יד שרה, מצא את מקומו בבית הכנסת החדש.
בית הכנסת כולו תוכנן ועוצב כך שיהווה מזכרת לקהילות החרבות, כאשר המודל וההשראה ליצירת האמנות המיוחדת היה בית הכנסת בברודי שבגליציה, שהשתמר עד היום כשהוא מעניק הצצה להווי היהודי החרב.
תורמי בית הכנסת הם משפחת יזרעאל מוונצואלה, שהקדישו את ההיכל לזכרו של אב המשפחה דוד ז"ל אשר שרד את אימי הגטאות ומחנות ההשמדה כשהוא מערים על הנאצים ומצהיר על עצמו כגבוה מכפי גילו כדי לשרוד את האקציות. בעבודת הכפייה שלו במטבח מחנה ההשמדה, שם את נפשו בכפו כדי לאפשר לאדמו"ר חסידי שהקים במסירות נפש סוכה בתוך המחנה, לאכול 'כזית' לחם אותו הבריח עבורו מהמטבח. דוד יזרעאל ז"ל שרד את תלאות השואה והקים משפחה נפלאה בחו"ל ובישראל, כאשר המוכנות למסירות נפש עבור הזולת הפכה לתמרור מכוון לדורות משפחת יזרעאל.
מרכז השיקום המוקם במלון, ערוך במיוחד עבור שורדי הגטאות ומחנות ההשמדה במסגרת 'מחלקת ניצולי השואה' ביד שרה. מייסד יד שרה הרב אורי לופוליאנסקי, אף התייחס לתאריך המשמעותי של פתיחת בית הכנסת לציבור, כשהצהיר כי המלון יעניק לניצולי השואה מקום מיוחד ומותאם עבורם לנופש ולהחלמה. "שמה של יד שרה, מנציח את סבתי ע"ה שנרצחה בשואה אך ורק בשל היותה יהודיה. את התשובה אנו נותנים כאשר אך ורק בשל היותנו יהודים".
